Fu dominio, se pur per un breve periodo, della famiglia Lengueglia dopodiché ritornò al possedimento benedettino, ottenendo nel 1277 i suoi primi statuti. Subì come altri comuni liguri le invasioni dei pirati saraceni intorno alla seconda metà del XVI secolo che causarono devastazioni e razzie. Risale proprio a questo periodo l’erezione della torre, detta Gallinara, considerata il simbolo della municipalità di Cipressa ed inserita pertanto nello stemma comunale.
La pittoresca frazione di Lingueglietta conserva ancora nel nome quello della nobile famiglia Lengueglia, dominante della zona nel Medioevo.